Llegada de Esteban Marquez
Con el objetivo cumplido, el Alcorcón mantuvo su bloque en el regreso a Tercera y a Víctor Parra como entrenador. Para el nuevo año en Tercera (temporada 1997-1998), el primero en la era Pedro Moreno, el equipo alfarero aspiraba a salvar la categoría y a ser el equipo revelación. Los empresarios Esteban Márquez y José Panizo entraron en el Club como vicepresidentes y liquidaron todas las deudas existentes hasta el momento y que podían haber hecho desaparecer a la Agrupación. El delantero Paco Moreno, que había fichado la temporada anterior por el Rayo Vallecano, regresaba a la disciplina amarilla perfilándose como la punta de lanza del equipo de Parra. Sin embargo, las cosas no irían bien desde el principio. En enero, Víctor Parra era destituido, sustituyéndole en el banquillo Luis Carlos López. A ello, se le unía la marcha del goleador Paco Moreno quien con nueve goles en su haber, ponía rumbo al Mérida “B”. La plantilla sufrió numerosos cambios con la llegada de jugadores con la que se buscaba conseguir la permanencia. En febrero, pocos días después de la marcha de Parra, el Presidente Pedro Moreno presentaba su dimisión al frente de la institución alfarera y convocó elecciones que solamente contaron con un candidato: Esteban Márquez Ponce.
Márquez, natural de Tomelloso (Ciudad Real), llevaba 27 años viviendo en la ciudad y, aunque no pudo evitar el descenso a Tercera en los primeros meses de su mandato, nada más acabar la temporada puso un plazo de tres años para situar a la A.D. Alcorcón en 2ª División “B”. El nuevo presidente se rodeó de personas de su confianza. Como vicepresidente, su socio José Panizo; como secretario, Esteban Márquez, hijo mayor del presidente; como tesorero, Julián Villena, que ostentaba el mismo cargo en Soncar; y como secretario técnico, un hombre de fútbol como Jesús Álvarez, de amplia experiencia en los despachos de clubes como el Leganés, el Talavera o el Móstoles. El proyecto comenzó en la temporada 1998-1999 en Preferente. Márquez recuperó a un mítico de la Agrupación, José Díaz Pablo, para el banquillo. Díaz llegaba del Móstoles, al que acababa de ascender a 2ªB, y con él llegaron hasta siete jugadores del equipo vecino para dar un potencial fuera de lo común a una plantilla de un equipo de Preferente.
El arranque liguero fue espectacular. Pasaron nueve jornadas hasta que los amarillos conocieron la derrota, ante el Vallecas, en lo que fue una de los dos derrotas que solamente sufrieron los amarillos en liga. Sin embargo, no fue sino hasta la penúltima jornada cuando los alfareros pudieron cantar el alirón y lo hicieron en un día muy especial. Durante toda la temporada, el conjunto de Díaz Pablo jugó en el campo de fútbol de césped natural del Polideportivo mientras se construía el nuevo estadio que sustituía al campo de tierra de siempre. El 19 de mayo de 1999 el Real Madrid de John Benjamin Toshack fue el rival con el que la Agrupación estrenó su nuevo estadio en un partido que nadie se quiso perder en la ciudad y que los amarillos pudieron ganar si no llega a ser por un penalti que el meta madridista Bizarri detuvo al capitán Ramírez. Ese nuevo estadio no pudo tener mejor estreno en partido oficial, el 23 de mayo de 1999 el Alcorcón goleó por 9-0 al Griñón y certificó el ascenso a Tercera. Manolo fue el autor del primer gol de la historia del Nuevo Santo Domingo.
Para rematar la temporada, el Alcorcón se proclamó campeón de la Regional Preferente al vencer en Santo Domingo por 4-1 al Atlético Cercedilla, remontando el 2-1 de la ida cosechado en La Dehesa.
Para la temporada 1999-2000, el equipo de Díaz Pablo partía como favorito al ascenso pese a su condición de recién ascendido. Con el bloque de la pasada campaña y un presupuesto de 42 millones los amarillos comenzaron ganando los cinco primeros partidos de liga y afianzando esa condición de aspirante a 2ªB. No obstante, no sería tan fácil. Los de Díaz Pablo siempre rondaron los puestos de play-off pero no terminaron de dar caza al Alcalá, cuarto clasificado. El hecho de que el Real Madrid “B” no se metiera en liguilla de ascenso a Segunda, provocó que el Real Madrid "C" tampoco pudiera hacerlo para ascender a 2ªB por lo que el Alcorcón pudo acceder, como quinto clasificado, a la fase de ascenso a 2ª División "B".
Díaz, Márquez y el alcalde de Alcorcón celebrando el ascenso a 2ª B
Los rivales en la liguilla de ascenso fueron el Lealtad asturiano, La Bañeza, del grupo castellano-leonés y el Xove Lago gallego. No empezaron con buen pie los amarillos, que cayeron en Las Llaneras de La Bañeza por 2-0. En Santo Domingo remontaron el vuelo venciendo por 4-1 al Lealtad, a priori el rival más complicado del grupo que, en la tercera jornada disputada en Las Callejas, ganó 2-1 al equipo alfarero. Mediada la fase de ascenso, el grupo estaba muy igualado. En la cuarta jornada, el Alcorcón venció por 2-0 a La Bañeza colocándose líder. Solamente restaban dos encuentros ante el Xove Lago del municipio lucense de Xove. En la ida, el Alcor se impuso 2-1 a los gallegos. Con todo a favor, el equipo de Díaz Pablo viajó a tierras lucenses donde, con un gol de Carralero, venció por 0-1 y certificó el ascenso a 2ªB por primera vez en la historia haciendo efectiva la promesa que dos años antes había hecho Esteban Márquez de llevar a los alfareros a 2ªB desde Preferente.